86. Na streche MIT o automatizácii biolaboratórií: S Dhashom Shrivathsom, CEO Radix Labs

/in , /by

**For the (English) recording of the interview, go to 16:30**

Medzi najväčšie problémy moderného biologického a medicínskeho laboratórneho výskumu patria ľudské chyby a neschopnosť pri rovnakom postupe dosahovať uspokojivo rovnaké výsledky. Okrem toho stále nemáme špičkové nástroje a platformy na rýchlu komunikáciu medzi ľuďmi a laboratórnymi robotmi a prístrojmi. Biológovia tak stále trávia príliš veľa času v laboratóriu a málo času prípravou a uvažovaním nad experimentami. 

Dhash Shrivathsa sa rozhodol zamerať na všetky spomínané problémy a vo svojom (už druhom) startupe Radix Labs vyvíja nový programovací jazyk a softvérovú platformu, ktorá umožní experimentátorom a laboratórnym nástrojom jednoducho komunikovať potrebné inštrukcie jednoduchým, no zároveň presným spôsobom. O jeho projekte nedávno vyšiel aj článok v časopise Nature. 

V tejto epizóde Pravidelnej dávky sa Miro vo svojom prvom rozhovore rozpráva s Dhashom o počítačoch, automatizácii laboratórií, o demokratizácii biológie, o jeho sne vyrobiť si vlastné pivo a tiež o tom, ako budovať úspešný biznis a získať investície do svojich projektov.

Zdroje a referencie :

[1] Segal, M. (2019). An operating system for the biology lab. Nature 2019 573:7775.

[2] Štúdia o slabej reprodukovateľnosti výsledkov: Begley, C. G., & Ellis, L. M. (2012). Raise standards for preclinical cancer research. Nature 2012 483:7391, 483(7391), 531–533. https://doi.org/10.1038/483531a

[3] Startup vyrábajúci laboratórne roboty na manipuláciu s tekutinami: https://opentrons.com/

[4] Dhashov startup zameraný na automatizáciu a programovanie experimentálnych procesov v biologických laboratóriách: http://radix.bio/

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

85. David Hume: Všetko je to v hlave a hlava v tele

/in , /by

Svet a myseľ. V akom sú vzťahu? Ako spolu interagujú? Je svet jednou veľkou mysľou alebo je myseľ iba súčasťou materiálneho sveta? Dnes budeme v rozmýšľaní nad nimi pokračovať s ďalším empirikom, ktorý priamo nadväzuje na Johna Locke a nie je ním nikto iný ako škótsky osvietenec David Hume. 

Dnes sa pozrieme detailnejšie na tú časť jeho filozofie, ktorá sa zvykne nazývať filozofia mysle. Ak ste o nej ešte nepočuli, dnes si obzvlášť posvietime na tzv. Humeovu vidličku, na ktorú vieme metaforicky napichnúť iba to, čo je v našom jazyku, a teda v našich myšlienkach, zmysluplné.

Použitá a odporúčaná literatúra:

  • William Edward Morris a Charlotte R. Brown,  „David Hume”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy(Summer 2019 Edition), https://stanford.io/2mnhNpT
  • James Fieser, „David Hume“, Internet Encyclopedia of Philosophy, https://bit.ly/2kNXEbX
  • Daniel N. Robinson, „Hume and the Pursuit of Happiness“, videokurz Great Ideas of Philosophy (2nd Edition),https://bit.ly/2m79xKl
  • Peter Millican, „Hume’s Central Principles“, videokurz, Oxforská univezita (2012), https://bit.ly/2mlSzIk
  • Bryan Magee v rozhovore s Johnom Passmorom o filozofii Davida Humea, YouTube(1987), https://bit.ly/2mq9Tfu
  • The School of Life, „Philosophy – David Hume“, YouTube (2016), https://bit.ly/2STvJal

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

84. Svet pred Darwinom: myšlienka meniacej sa Zeme

/in /by

Ako ľudia uvažovali o našom svete pred 19. storočím, v ktorom žil Charles Darwin? Akí sú niektorí jeho predchodcovia? Prečo a ako ľudia začali rozmýšľať o svete ako premenlivom mieste?

Read more

83. George Berkeley: som vnímaná, teda som

/in , /by

Esse est percipi. Dnes pokračujeme s ďalším veľmi známym latinským výrokom zo sveta filozofie a jeho autorom je írsky filozof, vedel a biskup George Berkeley (1685-1753). Pozrieme na jeho vlastnú teóriu ľudského chápanie a poznávania, ktoré je veľmi zaujímavým stredom medzi Lockeom a Leibnizom, keďže podľa Berkeleyho je existencia čohokoľvek vo svete závislá od našej mysle. Čo presne tým myslel a prečo je zvuk padajúceho stromu závislý od drevorubača?

Použitá a odporúčaná literatúra:

  • Lisa Downing, „George Berkeley”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2013 ), https://stanford.io/2kjJWgI
  • Daniel N. Robinson, „No matter. The Challenge of Materialism“, videokurz Great Ideas of Philosophy (2nd Edition), https://bit.ly/2m79xKl
  • Paul Guyer a Rolf-Peter Horstmann, „Idealism”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2018), https://stanford.io/2kEvmRm
  • Hank Green, „Locke, Berkeley, & Empiricism: Crash Course Philosophy #6“, YouTube (2018), https://bit.ly/2lVH9e7
  • BBC Radio 4, Esse est Percipi – (‘To be is to be perceived’), YouTube (2015), https://bit.ly/2kBTvYJ
  • Bryan Magee v rozhovore s Michaelom Ayersom o empirizme Lockea a Berkeleyho, YouTube(1987), https://bit.ly/2mm6WfO

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

82. Syntetické bunky III: Môžeme postaviť bunky od základov?

/in , /by

“Čo nedokážem postaviť, tomu nerozumiem,” povedal Richard Feynman. V tejto epizóde sa teda budeme rozprávať o stavbe syntetických buniek od základov, o výzvach, ktorým pri tomto prístupe čelíme a o nebunkovej (“cell-free”) biológii.

Referencie:

[1] Berhanu, S., Ueda, T., & Kuruma, Y. (2019). Artificial photosynthetic cell producing energy for protein synthesis. Nature Communications, 10(1), 1325. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09147-4

[2] Adamala, K. P., Martin-Alarcon, D. A., Guthrie-Honea, K. R., & Boyden, E. S. (2017). Engineering genetic circuit interactions within and between synthetic minimal cells. Nature Chemistry, 9(5), 431–439. https://doi.org/10.1038/nchem.2644

[3] Powell, K. (2018). How biologists are creating life-like cells from scratch. Nature, 563(7730), 172–175. https://doi.org/10.1038/d41586-018-07289-x

[4] Elani, Y., Trantidou, T., Wylie, D., Dekker, L., Polizzi, K., Law, R. V., & Ces, O. (2018). Constructing vesicle-based artificial cells with embedded living cells as organelle-like modules. Scientific Reports, 8(1), 4564. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22263-3

Súvisiace dávky: 

PD #78: O najmenšej syntetickej bunke
PD #74: Úvod do témy syntetických buniek

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

81. Gottfried Leibniz: aj nepopísaný papier je stále papier

/in , /by

Nihil est in intellectu quod prius non fuerit in sensu. Nihil? Nisi intellectus ipse! —trochu latinčiny na úvod a v dnešnej dávke sa dozviete presný preklad a význam týchto dvoch slávnych výrokov vo svete filozofiu. V 79. dávke sme sa pozreli na Lockeovu teóriu ľudského chápania a v jej závere nám vyvstala jedna kľúčová kritická otázka: ak je ľudská myseľ nepopísaný čistý papier a všetko poznanie prichádza na úplnom začiatku z našich zmyslov, metaforicky ale tento obraz nesedí. Ak je myseľ nepopísaný papier, a teda je úplne prázdna, predsa len prázdna nie je, pretože sa v mysli nachádza samotná myseľ. Aj nepopísaný papier je stále papier! A toto je klasická námietka proti Lockeovu empirizmu, s ktorou prišiel jeho súčasník, nemecký filozof Gottfried Leibniz a túto námietku si poriadne rozpitváme. 

Použitá a odporúčaná literatúra:

  • Mark Kulstad a Laurence Carlin, „Leibniz’s Philosophy of Mind”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2013), https://stanford.io/2ktLS6D
  • Daniel N. Robinson, „No matter. The Challenge of Materialism“, videokurz Great Ideas of Philosophy (2nd Edition), https://bit.ly/2m79xKl
  • Basketbalový experiment, 1999, https://bit.ly/1gXmThe
  • Hank Green, „Newton and Leibniz: Crash Course History of Science #17“, YouTube (2018), https://bit.ly/2lOonoP
  • Viac o monádach: Brandon Look, „Metaphysics: Leibnizian Idealism“ v „Gottfried Wilhelm Leibniz“, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2017), https://stanford.io/2kBUesE

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

80. Hviezdne vojny? Ako sa Cirkev mýlila a Galileo tiež

/in /by

V tejto dávke sa spoločne pozrieme na azda ten najznámejší konflikt medzi vedou a katolíckou cirkvou. Povieme si o hlavných aktéroch a o tom, prečo pochybila aj Cirkev aj Galileo.

Použitá a odporúčaná literatúra:
Lindberg, Numbers (eds.), God and Nature, kap. 4.
Brooke, Cantor, Reconstructing Nature, kap. 4.
Olson, Science & Religion, 1450-1900, kap. 1.
Finocchiaro, The Galileo Affair.
Segre, „Light on the Galileo Case?” Isis, 1997.
Machamer, „Galileo Galilei”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy, 2017.
Allocution of the Holy Father John Paul II, 1992.

Súvisiace dávky:
PD#68: Premeny vedy, https://bit.ly/2KxTopW
PD#76: Kopernikova revolúcia, https://bit.ly/2kyI4AL 

79. John Locke a tajomstvo nepopísaného papiera

/in , /by

Ako funguje ľudské chápanie? Je naša myseľ obdarená nejakým vrodeným poznaním alebo sme ako nepopísaný papier, na ktorý sa od nášho narodenia zapisujú naše skúsenosti? V dnešnej dávka budem pokračovať v našom rozmýšľaní o realite a na túto otázku sa pozrieme očami britského lekára a filozofa Johna Lockea, ktorý je na tomto podcaste už varený-pečený. 

Zamyslíme sa nad tým, ako Locke, stavajúc na vedeckej metóde svojho súčasníka a priateľa Isaaca Newtona, vysvetľuje ako funguje a z čoho sa skladá naše ľudské chápanie—inými slovami, ako funguje naše myseľ. Ako uvidíme, jeho vysvetlenie toho, ako funguje naše chápanie sveta je samozrejme plne podmienené tomu „čo je to svet“ a to nás vráti k našej starej známej metafyzike. 

Použitá a odporúčaná literatúra:

Daniel N. Robinson, „Locke’s Newtonian Science of the Mind“, videokurz Great Ideas of Philosophy (2nd Edition),https://www.thegreatcourses.com/courses/great-ideas-of-philosophy-2nd-edition.html

William Uzgalis, „John Locke”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2019 ), https://plato.stanford.edu/archives/spr2019/entries/locke

Jan-Erik Jones, „Locke on Real Essence”, The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2018), https://plato.stanford.edu/archives/fall2018/entries/real-essence

Hank Green, „Locke, Berkeley, & Empiricism: Crash Course Philosophy #6“, YouTube(2016),

Súvisiace dávky:

PD#77: Intro do rozmýšľania o realite, https://bit.ly/2lULT3D

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

78. Syntetické bunky II: ako vznikla najmenšia syntetická bunka

/in , /by

Existujú dva prístupy k stavbe syntetických buniek. Dnes si predstavíme “top-down” prístup k stavbe syntetických buniek, fascinujúce výsledky vedcov z J Craig Venter Institute, najmenší syntetický organizmus JCVI-syn3.0 a dôjde aj na esenciálne gény!

Referencie a odporúčaná literatúra

[1] Hutchison III, C. A., Chuang, R.-Y., Noskov, V. N., Assad-Garcia, N., Deerinck, T. J., Ellisman, M. H., … Venter, J. C. (n.d.). Design and synthesis of a minimal bacterial genome. https://doi.org/10.1126/science.aad6253

 [2] Glass, J. I., Merryman, C., Wise, K. S., Hutchison, C. A., & Smith, H. O. (2017). Minimal Cells—Real and Imagined. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 9(12), a023861. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a023861

[3] Göpfrich, K., Platzman, I., & Spatz, J. P. (2018). Mastering Complexity: Towards Bottom-up Construction of Multifunctional Eukaryotic Synthetic Cells. Trends in Biotechnology, 36(9), 938–951. https://doi.org/10.1016/J.TIBTECH.2018.03.008

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

77. Realita: Sme na ňu odkázaní alebo ona na nás?

/in , /by

Čo je to realita? Asi súhrn toho, čo existuje. Ale čo vlastne existuje? To, čo viem spoznať mojimi zmyslami? Ale vieme dať pod mikroskop naše myšlienky, poéziu, morálku, zákonodarstvo či zásady slušného správania? Ak nie, znamená to, že neexistujú a tým pádom ich môžem ignorovať? Dnešná dávke ja malým úvodom do rozmýšľanie o realite a pozrieme na to, čo sa vo filozofii nazýva metafyzika.

Použitá a odporúčaná literatúra:

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit