Tag Archive for: bioinžinierstvo

186. Ako urobiť geneticky upravené baktérie bezpečnými?

/in , /by

Dnes Miro rozpráva o biobezpečnosti a spôsoboch, akými bioinžinieri geneticky upravené bunky robia bezpečnými.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME.

Referencie 

[1] Lee, J. W., Chan, C. T. Y., Slomovic, S., & Collins, J. J. (2018). Next-generation biocontainment systems for engineered organisms. Nature Chemical Biology, 14(6), 530–537. https://doi.org/10.1038/s41589-018-0056-x

[2] Brenner, K., You, L., & Arnold, F. H. (2008, September). Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology. Trends in Biotechnology. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2008.05.004

[3] McCardell, R. D., Pandey, A., & Murray, R. M. (2019). Control of density and composition in an engineered two-member bacterial community. BioRxiv, 632174. https://doi.org/10.1101/632174

[4] D’souza, G., & Kost, C. (2016). Experimental Evolution of Metabolic Dependency in Bacteria. PLoS Genet, 12(11), 1006364. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006364

[5] Kunjapur, A. M., Napolitano, M. G., Hysolli, E., Appleton, E. M., Schubert, M. G., Jones, M. A., … Church, G. M. (2020). Synthetic auxotrophy remains stable after continuous evolution and in co-culture with mammalian cells. BioRxiv, 2020.09.27.315804. https://doi.org/10.1101/2020.09.27.315804


[6] Pinheiro, F., Warsi, O., Andersson, D. I., & Lässig, M. (2020, July 2). Predicting trajectories and mechanisms of antibiotic resistance evolution. ArXiv. arXiv. https://doi.org/10.1101/2020.07.02.184622

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

178. mRNA vakcína: bioinžiniersky objav desaťročia?

/in , /by

O prelomovom bioinžinierskom objave, ktorý reprezentuje mRNA vakcína.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka178 

Referencie: 

[1] Weiss, R., Scheiblhofer, S., & Thalhamer, J. (2017). Generation and evaluation of prophylactic mRNA vaccines against allergy. In Methods in Molecular Biology. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-6481-9_7

[2] Pardi, N., Hogan, M. J., Porter, F. W., & Weissman, D. (2018). mRNA vaccines-a new era in vaccinology. Nature Reviews Drug Discovery. https://doi.org/10.1038/nrd.2017.243

[3] Chen, N., Xia, P., Li, S., Zhang, T., Wang, T. T., & Zhu, J. (2017, May 1). RNA sensors of the innate immune system and their detection of pathogens. IUBMB Life. Blackwell Publishing Ltd. https://doi.org/10.1002/iub.1625


[4] How mRNA vaccines from Pfizer and Moderna work, why they’re a breakthrough and why they need to be kept so cold. (n.d.). Retrieved November 20, 2020, from https://theconversation.com/how-mrna-vaccines-from-pfizer-and-moderna-work-why-theyre-a-breakthrough-and-why-they-need-to-be-kept-so-cold-150238

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

172. Vzostup a pád antibiotík

/in , /by

O minulosti, súčasnosti a budúcnosti antibiotík. Akým problémom čelí ich využitie? A ako ich nahradíme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka172 

Referencie:

[1] Adedeji, W. A. (2016). THE TREASURE CALLED ANTIBIOTICS. Annals of Ibadan Postgraduate Medicine, 14(2), 56–57. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28337088

[2] FastStats – Life Expectancy. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://www.cdc.gov/nchs/fastats/life-expectancy.htm

[3] Aminov, R. I. (2010). A brief history of the antibiotic era: Lessons learned and challenges for the future. Frontiers in Microbiology, 1(DEC). https://doi.org/10.3389/fmicb.2010.00134

[4] Baltz, R. H. (2018). Synthetic biology, genome mining, and combinatorial biosynthesis of NRPS-derived antibiotics: a perspective. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 45(7), 635–649. https://doi.org/10.1007/s10295-017-1999-8

[5] Wright, G. (2014, April 30). Perspective: Synthetic biology revives antibiotics. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/509S13a

[6] Gerstmans, H., Criel, B., & Briers, Y. (2018, May 1). Synthetic biology of modular endolysins. Biotechnology Advances. Elsevier Inc. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2017.12.009

[7] Pedrolli, D. B., Ribeiro, N. V., Squizato, P. N., de Jesus, V. N., Cozetto, D. A., Tuma, R. B., … Cerri, M. O. (2019, January 1). Engineering Microbial Living Therapeutics: The Synthetic Biology Toolbox. Trends in Biotechnology. Elsevier Ltd. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2018.09.005

[8] Stokes, J. M., Yang, K., Swanson, K., Jin, W., Cubillos-Ruiz, A., Donghia, N. M., … Collins, J. J. (2020). A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery. Cell, 180(4), 688-702.e13. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.01.021

[9] Laxminarayan, R., Duse, A., Wattal, C., Zaidi, A. K. M., Wertheim, H. F. L., Sumpradit, N., … Cars, O. (2013, December). Antibiotic resistance-the need for global solutions. The Lancet Infectious Diseases. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70318-9


[10] Antibiotic – Wikipedia. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://en.wikipedia.org/wiki/Antibiotic

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

157. Štyri bilióny dolárov ukryté v biológii

/in , /by

Bioinžinierstvo a syntetická biológia nie sú len o bunkách a skúmavkách, ale aj o značnom ekonomickom prínose – prečo je to tak?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka157

Referencie

[1] New McKinsey Report Sees A $4 Trillion Gold Rush In This One Hot Sector. Who’s Selling Picks And Shovels? – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/new-mckinsey-report-sees-a-4-trillion-gold-rush-in-this-one-hot-sector-whos-selling-picks-and-shovels/

[2] If Biology Can Build It, They Will Come: Ginkgo Bioworks Is Laying The Foundation For The $4 Trillion Bioeconomy – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/if-biology-can-build-it-they-will-come-ginkgo-bioworks-is-laying-the-foundation-for-the-4-trillion-bioeconomy/

[3] The Bio Revolution Innovations transforming economies, societies, and our lives Executive summary. (2020). Retrieved from www.mckinsey.com/mgi.

[4] Michael Gove: His education and IT speech in full | Computerworld. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://www.computerworld.com/article/3415890/michael-gove–his-education-and-it-speech-in-full.html

[5] Endy, D. (2005, November 24). Foundations for engineering biology. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/nature04342


[6] Khalil, A. S., & Collins, J. J. (2010, May). Synthetic biology: Applications come of age. Nature Reviews Genetics. https://doi.org/10.1038/nrg2775

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️(https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

145. Budeme raz imúnni voči všetkým vírusom?

/in , /by

V súčasnosti sa očkovaním snažíme získať  odolnosť voči jednotlivým vírusom. Mohla by nám syntetická biológia dať imunitu voči všetkým vírusom?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka145

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Lajoie, M. J., Rovner, A. J., Goodman, D. B., Aerni, H. R., Haimovich, A. D., Kuznetsov, G., … Isaacs, F. J. (2013). Genomically recoded organisms expand biological functions. Science, 342(6156), 357–360. https://doi.org/10.1126/science.1241459

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

141. Na Slovensku nastal čas na epidémiu syntetickej biológie

/in , /by

Pandémia SARS-CoV-2 nám ukázala hrôzostrašnú tvár biológie. Syntetická biológia nám ponúka tú prívetivú a užitočnú – ako ju na Slovensku využijeme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka141

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

126. Vyrieši syntetická biológia problémy s klímou?

/in , /by

V dnešnej epizóde Pravidelnej dávky Miro rozpráva o syntetickej biológii a o tom, ako syntetickí biológovia a niektoré zaujímavé spoločnosti v tejto oblasti môžu pomôcť riešiť problémy s klímou, ktorým všetci čelíme.

Môžeme upraviť baktérie tak, aby sa dokázali živiť skleníkovými plynmi z ovzdušia? A ako môžeme využiť metódy rastlinného inžinierstva? A čože to vlastne je tá syntetická biológia? 

Vybrané Referencie

[1] http://sites.bu.edu/climate-change/

[2] https://synbiobeta.com/exploring-solutions-to-climate-change-with-synthetic-biology/

[3] https://theconversation.com/climate-change-is-making-soils-saltier-forcing-many-farmers-to-find-new-livelihoods-106048

[4] Mus, F., Crook, M. B., Garcia, K., Costas, A. G., Geddes, B. A., Kouri, E. D., … Peters, J. W. (2016, July 1). Symbiotic nitrogen fixation and the challenges to its extension to nonlegumes. Applied and Environmental Microbiology. American Society for Microbiology. https://doi.org/10.1128/AEM.01055-16

[5] Callaway, E. (2019, December 1). E. coli bacteria engineered to eat carbon dioxide. Nature. NLM (Medline). https://doi.org/10.1038/d41586-019-03679-x

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

122. Ako budú vyzerať lekári budúcnosti? S Dr. Alexejom Youssefom

/in , /by

(Skip to 12:00 for the original interview in English)

V tejto epizóde Pravidelnej Dávky sa Miro rozpráva s Dr. Alexejom Youssefom o tom, či existuje ideálny zdravotný systém, prečo je rola súkromného sektora v zdravotníctve dôležitá, ako umelá inteligencia ovplyvní rozvoj medicíny a na čo by sa mali zameriavať lekári budúcnosti.

Alex pochádza z Ukrajiny, vyštudoval medicínu v Sýrii, získal Rhodes Scholarship, jedno z najprestížnejších štipendií na svete, vďaka ktorému vyštudoval Medzinárodné zdravotné systémy na Oxforde a momentálne na Oxforde robí doktorát v Klinickej Umelej Inteligencii.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

118. Koronavírus 2019-nCoV vs. Syntetická Biológia: Pomôže nám bioinžinierstvo vyhrať?

/in , /by

V dnešnej epizóde pravidelnej dávky sa s Mirom rozprávame o Koronavíruse, o tom, ako do boja proti nákazlivým chorobám zapájame matematiku a ako nám pri diagnostike vírusových ochorení môže pomôcť syntetická biológia. 

Referencie:

  • [1] Zhao, S., Lin, Q., Ran, J., Musa, S. S., Yang, G., Wang, W., … Wang, M. H. (2020). Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China, from 2019 to 2020: A data-driven analysis in the early phase of the outbreak. International Journal of Infectious Diseases. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.01.050
  • [2] Zhang, X. S., Pebody, R., Charlett, A., de Angelis, D., Birrell, P., Kang, H., … Choi, Y. H. (2017). Estimating and modelling the transmissibility of Middle East Respiratory Syndrome CoronaVirus during the 2015 outbreak in the Republic of Korea. Influenza and Other Respiratory Viruses, 11(5), 434–444. https://doi.org/10.1111/irv.12467
  • [3] Ng, T. W., Turinici, G., & Danchin, A. (2003). A double epidemic model for the SARS propagation. BMC Infectious Diseases, 3(1), 19. https://doi.org/10.1186/1471-2334-3-19
  • [4] Dénes, A., & Gumel, A. B. (2019). Modeling the impact of quarantine during an outbreak of Ebola virus disease. Infectious Disease Modelling, 4, 12–27. https://doi.org/10.1016/j.idm.2019.01.003
  • [5]Pardee, K., Green, A. A., Takahashi, M. K., Braff, D., Lambert, G., Lee, J. W., … Collins, J. J. (2016). Rapid, Low-Cost Detection of Zika Virus Using Programmable Biomolecular Components. Cell, 165(5), 1255–1266. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.059
  • [6] Coronavirus. (n.d.). Retrieved January 31, 2020, from https://www.who.int/health-topics/coronavirus
  • [7] (6) Coronavirus latest: First cases of the disease confirmed in the UK | Financial Times. (n.d.). Retrieved January 31, 2020, from https://www.ft.com/content/96bd61c2-226f-31f4-99fa-02cb85c42bf2
  • [8] Bussell, E. H., Dangerfield, C. E., Gilligan, C. A., & Cunniffe, N. J. (2019). Applying optimal control theory to complex epidemiological models to inform real-world disease management. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 374(1776). https://doi.org/10.1098/rstb.2018.0284

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

110. Strojové učenie v medicíne: Nádejné riešenia a obrovské výzvy (I. časť)

/in , /by

V ďalšej epizóde Pravidelnej dávky si s Mirom povieme niečo o strojovom učení, jeho výhodách a o jeho využití v medicíne. Je to prvá zo série zameranej na strojové učenie a umelú inteligenciu v medicíne.

Referencie:

  • [1] Ching, T., Himmelstein, D. S., Beaulieu-Jones, B. K., Kalinin, A. A., Do, B. T., Way, G. P., … Greene, C. S. (2018). Opportunities and obstacles for deep learning in biology and medicine. Journal of the Royal Society Interface, 15(141). https://doi.org/10.1098/rsif.2017.0387
  • [2] Komorowski, M., Celi, L. A., Badawi, O., Gordon, A. C., & Faisal, A. A. (2018). The Artificial Intelligence Clinician learns optimal treatment strategies for sepsis in intensive care. Nature Medicine, 24(11), 1716–1720. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0213-5
  • [3] Rigby, M. J. (2019, February 1). Ethical dimensions of using artificial intelligence in health care. AMA Journal of Ethics. American Medical Association. https://doi.org/10.1001/amajethics.2019.121
  • [4] Yu, K. H., & Kohane, I. S. (2019, March 1). Framing the challenges of artificial intelligence in medicine. BMJ Quality and Safety. BMJ Publishing Group. https://doi.org/10.1136/bmjqs-2018-008551
  • [5] Poplin, R., Varadarajan, A. V., Blumer, K., Liu, Y., McConnell, M. V., Corrado, G. S., … Webster, D. R. (2018). Prediction of cardiovascular risk factors from retinal fundus photographs via deep learning. Nature Biomedical Engineering, 2(3), 158–164. https://doi.org/10.1038/s41551-018-0195-0
  • [6] Day, N., Hemmaplardh, A., Thurman, R. E., Stamatoyannopoulos, J. A., & Noble, W. S. (2007). Unsupervised segmentation of continuous genomic data. Bioinformatics, 23(11), 1424–1426. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm096

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit