Posts

172. Vzostup a pád antibiotík

O minulosti, súčasnosti a budúcnosti antibiotík. Akým problémom čelí ich využitie? A ako ich nahradíme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka172 

Referencie:

[1] Adedeji, W. A. (2016). THE TREASURE CALLED ANTIBIOTICS. Annals of Ibadan Postgraduate Medicine, 14(2), 56–57. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28337088

[2] FastStats – Life Expectancy. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://www.cdc.gov/nchs/fastats/life-expectancy.htm

[3] Aminov, R. I. (2010). A brief history of the antibiotic era: Lessons learned and challenges for the future. Frontiers in Microbiology, 1(DEC). https://doi.org/10.3389/fmicb.2010.00134

[4] Baltz, R. H. (2018). Synthetic biology, genome mining, and combinatorial biosynthesis of NRPS-derived antibiotics: a perspective. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 45(7), 635–649. https://doi.org/10.1007/s10295-017-1999-8

[5] Wright, G. (2014, April 30). Perspective: Synthetic biology revives antibiotics. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/509S13a

[6] Gerstmans, H., Criel, B., & Briers, Y. (2018, May 1). Synthetic biology of modular endolysins. Biotechnology Advances. Elsevier Inc. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2017.12.009

[7] Pedrolli, D. B., Ribeiro, N. V., Squizato, P. N., de Jesus, V. N., Cozetto, D. A., Tuma, R. B., … Cerri, M. O. (2019, January 1). Engineering Microbial Living Therapeutics: The Synthetic Biology Toolbox. Trends in Biotechnology. Elsevier Ltd. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2018.09.005

[8] Stokes, J. M., Yang, K., Swanson, K., Jin, W., Cubillos-Ruiz, A., Donghia, N. M., … Collins, J. J. (2020). A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery. Cell, 180(4), 688-702.e13. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.01.021

[9] Laxminarayan, R., Duse, A., Wattal, C., Zaidi, A. K. M., Wertheim, H. F. L., Sumpradit, N., … Cars, O. (2013, December). Antibiotic resistance-the need for global solutions. The Lancet Infectious Diseases. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70318-9


[10] Antibiotic – Wikipedia. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://en.wikipedia.org/wiki/Antibiotic

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

169. Rozhovor s Kate Adamala: Od syntetických buniek k dobývaniu vesmíru

V dnešnej dávke sa  Miro rozpráva s profesorkou Kate Adamala  z Univerzity v Minnesote o stavbe syntetických buniek, biologickej bezpečnosti, o definícii života, či o existencii života vo vesmíre.

Slovenské zhrnutie rozhovoru si môžete prečítať ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka169

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

157. Štyri bilióny dolárov ukryté v biológii

Bioinžinierstvo a syntetická biológia nie sú len o bunkách a skúmavkách, ale aj o značnom ekonomickom prínose – prečo je to tak?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka157

Referencie

[1] New McKinsey Report Sees A $4 Trillion Gold Rush In This One Hot Sector. Who’s Selling Picks And Shovels? – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/new-mckinsey-report-sees-a-4-trillion-gold-rush-in-this-one-hot-sector-whos-selling-picks-and-shovels/

[2] If Biology Can Build It, They Will Come: Ginkgo Bioworks Is Laying The Foundation For The $4 Trillion Bioeconomy – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/if-biology-can-build-it-they-will-come-ginkgo-bioworks-is-laying-the-foundation-for-the-4-trillion-bioeconomy/

[3] The Bio Revolution Innovations transforming economies, societies, and our lives Executive summary. (2020). Retrieved from www.mckinsey.com/mgi.

[4] Michael Gove: His education and IT speech in full | Computerworld. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://www.computerworld.com/article/3415890/michael-gove–his-education-and-it-speech-in-full.html

[5] Endy, D. (2005, November 24). Foundations for engineering biology. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/nature04342


[6] Khalil, A. S., & Collins, J. J. (2010, May). Synthetic biology: Applications come of age. Nature Reviews Genetics. https://doi.org/10.1038/nrg2775

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️(https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

153. Ako nám syntetická biológia umožní oživiť vyhynuté druhy

Vyhynuté živočíšne druhy nemusia byť nenávratne preč. Syntetická biológia nám môže tieto druhy priniesť naspäť – ako v prípade kozorožca pyrenejského.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka153 

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Folch, J., Cocero, M. J., Chesné, P., Alabart, J. L., Domínguez, V., Cognié, Y., … Vignon, X. (2009). First birth of an animal from an extinct subspecies (Capra pyrenaica pyrenaica) by cloning. Theriogenology, 71(6), 1026–1034. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2008.11.005


[3] Piña-Aguilar, R. E., Lopez-Saucedo, J., Sheffield, R., Ruiz-Galaz, L. I., De J. Barroso-Padilla, J., & Gutiérrez-Gutiérrez, A. (2009, September 1). Revival of extinct species using nuclear transfer: Hope for the mammoth, true for the pyrenean ibex, but is it time for “conservation cloning”? Cloning and Stem Cells. Cloning Stem Cells. https://doi.org/10.1089/clo.2009.0026

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

145. Budeme raz imúnni voči všetkým vírusom?

V súčasnosti sa očkovaním snažíme získať  odolnosť voči jednotlivým vírusom. Mohla by nám syntetická biológia dať imunitu voči všetkým vírusom?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka145

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Lajoie, M. J., Rovner, A. J., Goodman, D. B., Aerni, H. R., Haimovich, A. D., Kuznetsov, G., … Isaacs, F. J. (2013). Genomically recoded organisms expand biological functions. Science, 342(6156), 357–360. https://doi.org/10.1126/science.1241459

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

141. Na Slovensku nastal čas na epidémiu syntetickej biológie

Pandémia SARS-CoV-2 nám ukázala hrôzostrašnú tvár biológie. Syntetická biológia nám ponúka tú prívetivú a užitočnú – ako ju na Slovensku využijeme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka141

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

ŠPECIÁL #3: Rozhovor s Mirom Gašpárkom o koronavíruse: Prečo nejde o umelo vyrobenú nákazu

Dnes sa rozprávam s mojim podcastovým kolegom Mirom Gašpárkom, ktorý sa v súčasnosti venuje modelovaniu šírenia nákazy Covid-19 na Slovensku.

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

129. Koronavírus môžeme diagnostikovať rýchlejšie a lacnejšie: S Boonom Limom z Oxfordu

(For the English version of the interview, go to 15:15)

V tejto epizóde Pravidelnej dávky sa Miro exkluzívne rozpráva s Boonom Limom, svojím kolegom z výskumnej skupiny Prof. Antonisa Papachristodoulou a doktorandom na Oxforde, ktorý sa venuje výskumu rýchlejšej a jednoduchšej diagnostiky ochorenia COVID-19 prostredníctvom metód syntetickej biológie. 

Miro a Boon sa rozprávaujú o spolupráci medzi syntetickými biológmi, bioinžiniermi a matematikmi, o Boonovom výskume diagnostiky rakoviny s využitím baktérií, no predovšetkým o koronavíruse a o tom, ako nám syntetická biológia umožňuje jeho rýchlejšiu a dostupnejšiu diagnostiku a prečo by sa o syntetickú biológiu malo zaujímať viac ľudí. Tento rozhovor bude v angličtine a preto v jeho úvode bude obšírne zhrnutie v slovenčine.

 ***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

126. Vyrieši syntetická biológia problémy s klímou?

V dnešnej epizóde Pravidelnej dávky Miro rozpráva o syntetickej biológii a o tom, ako syntetickí biológovia a niektoré zaujímavé spoločnosti v tejto oblasti môžu pomôcť riešiť problémy s klímou, ktorým všetci čelíme.

Môžeme upraviť baktérie tak, aby sa dokázali živiť skleníkovými plynmi z ovzdušia? A ako môžeme využiť metódy rastlinného inžinierstva? A čože to vlastne je tá syntetická biológia? 

Vybrané Referencie

[1] http://sites.bu.edu/climate-change/

[2] https://synbiobeta.com/exploring-solutions-to-climate-change-with-synthetic-biology/

[3] https://theconversation.com/climate-change-is-making-soils-saltier-forcing-many-farmers-to-find-new-livelihoods-106048

[4] Mus, F., Crook, M. B., Garcia, K., Costas, A. G., Geddes, B. A., Kouri, E. D., … Peters, J. W. (2016, July 1). Symbiotic nitrogen fixation and the challenges to its extension to nonlegumes. Applied and Environmental Microbiology. American Society for Microbiology. https://doi.org/10.1128/AEM.01055-16

[5] Callaway, E. (2019, December 1). E. coli bacteria engineered to eat carbon dioxide. Nature. NLM (Medline). https://doi.org/10.1038/d41586-019-03679-x

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

118. Koronavírus 2019-nCoV vs. Syntetická Biológia: Pomôže nám bioinžinierstvo vyhrať?

V dnešnej epizóde pravidelnej dávky sa s Mirom rozprávame o Koronavíruse, o tom, ako do boja proti nákazlivým chorobám zapájame matematiku a ako nám pri diagnostike vírusových ochorení môže pomôcť syntetická biológia. 

Referencie:

  • [1] Zhao, S., Lin, Q., Ran, J., Musa, S. S., Yang, G., Wang, W., … Wang, M. H. (2020). Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China, from 2019 to 2020: A data-driven analysis in the early phase of the outbreak. International Journal of Infectious Diseaseshttps://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.01.050
  • [2] Zhang, X. S., Pebody, R., Charlett, A., de Angelis, D., Birrell, P., Kang, H., … Choi, Y. H. (2017). Estimating and modelling the transmissibility of Middle East Respiratory Syndrome CoronaVirus during the 2015 outbreak in the Republic of Korea. Influenza and Other Respiratory Viruses11(5), 434–444. https://doi.org/10.1111/irv.12467
  • [3] Ng, T. W., Turinici, G., & Danchin, A. (2003). A double epidemic model for the SARS propagation. BMC Infectious Diseases3(1), 19. https://doi.org/10.1186/1471-2334-3-19
  • [4] Dénes, A., & Gumel, A. B. (2019). Modeling the impact of quarantine during an outbreak of Ebola virus disease. Infectious Disease Modelling4, 12–27. https://doi.org/10.1016/j.idm.2019.01.003
  • [5]Pardee, K., Green, A. A., Takahashi, M. K., Braff, D., Lambert, G., Lee, J. W., … Collins, J. J. (2016). Rapid, Low-Cost Detection of Zika Virus Using Programmable Biomolecular Components. Cell165(5), 1255–1266. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.059
  • [6] Coronavirus. (n.d.). Retrieved January 31, 2020, from https://www.who.int/health-topics/coronavirus
  • [7] (6) Coronavirus latest: First cases of the disease confirmed in the UK | Financial Times. (n.d.). Retrieved January 31, 2020, from https://www.ft.com/content/96bd61c2-226f-31f4-99fa-02cb85c42bf2
  • [8] Bussell, E. H., Dangerfield, C. E., Gilligan, C. A., & Cunniffe, N. J. (2019). Applying optimal control theory to complex epidemiological models to inform real-world disease management. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences374(1776). https://doi.org/10.1098/rstb.2018.0284

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit