Tag Archive for: syntetická biológia

186. Ako urobiť geneticky upravené baktérie bezpečnými?

/in , /by

Dnes Miro rozpráva o biobezpečnosti a spôsoboch, akými bioinžinieri geneticky upravené bunky robia bezpečnými.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME.

Referencie 

[1] Lee, J. W., Chan, C. T. Y., Slomovic, S., & Collins, J. J. (2018). Next-generation biocontainment systems for engineered organisms. Nature Chemical Biology, 14(6), 530–537. https://doi.org/10.1038/s41589-018-0056-x

[2] Brenner, K., You, L., & Arnold, F. H. (2008, September). Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology. Trends in Biotechnology. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2008.05.004

[3] McCardell, R. D., Pandey, A., & Murray, R. M. (2019). Control of density and composition in an engineered two-member bacterial community. BioRxiv, 632174. https://doi.org/10.1101/632174

[4] D’souza, G., & Kost, C. (2016). Experimental Evolution of Metabolic Dependency in Bacteria. PLoS Genet, 12(11), 1006364. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006364

[5] Kunjapur, A. M., Napolitano, M. G., Hysolli, E., Appleton, E. M., Schubert, M. G., Jones, M. A., … Church, G. M. (2020). Synthetic auxotrophy remains stable after continuous evolution and in co-culture with mammalian cells. BioRxiv, 2020.09.27.315804. https://doi.org/10.1101/2020.09.27.315804


[6] Pinheiro, F., Warsi, O., Andersson, D. I., & Lässig, M. (2020, July 2). Predicting trajectories and mechanisms of antibiotic resistance evolution. ArXiv. arXiv. https://doi.org/10.1101/2020.07.02.184622

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

183. Rozhovor s Pavlom Čekanom: Na Slovensku potrebujeme fabriku na DNA

/in , /by

Pavol Čekan získal doktorát v chémii na University of Iceland v roku 2009. Ako postdoktorand na Rockefellerovej univerzite Pavol vyvinul inovatívne metódy skúmania nukleových kyselín. Je expertom na syntézu  modifikovaných oligonukleotidov  a spektroskopickú analýzu štruktúry a funkcie nukleových kyselín. Predtým ako založil spoločnosť Multiplex DX, 4 roky pracoval v špičkovej inštitúcii venujúcej sa výskumu rakoviny – National Cancer Institute (NCI). 

Pavol je autorom viac ako 35 vedeckých publikácií, vlastníkom troch patentov a je členom Vedeckého poradného zboru Ministerstva zdravotníctva Slovenskej Republiky. Je tiež členom exkluzívnej siete výkonných riaditeľov spoločností s vysokým rastovým potenciálom nazývanej Mindshare a získal niekoľko prestížnych ocenení za úspechy v oblasti biznisu a vedy.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

172. Vzostup a pád antibiotík

/in , /by

O minulosti, súčasnosti a budúcnosti antibiotík. Akým problémom čelí ich využitie? A ako ich nahradíme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka172 

Referencie:

[1] Adedeji, W. A. (2016). THE TREASURE CALLED ANTIBIOTICS. Annals of Ibadan Postgraduate Medicine, 14(2), 56–57. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28337088

[2] FastStats – Life Expectancy. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://www.cdc.gov/nchs/fastats/life-expectancy.htm

[3] Aminov, R. I. (2010). A brief history of the antibiotic era: Lessons learned and challenges for the future. Frontiers in Microbiology, 1(DEC). https://doi.org/10.3389/fmicb.2010.00134

[4] Baltz, R. H. (2018). Synthetic biology, genome mining, and combinatorial biosynthesis of NRPS-derived antibiotics: a perspective. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 45(7), 635–649. https://doi.org/10.1007/s10295-017-1999-8

[5] Wright, G. (2014, April 30). Perspective: Synthetic biology revives antibiotics. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/509S13a

[6] Gerstmans, H., Criel, B., & Briers, Y. (2018, May 1). Synthetic biology of modular endolysins. Biotechnology Advances. Elsevier Inc. https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2017.12.009

[7] Pedrolli, D. B., Ribeiro, N. V., Squizato, P. N., de Jesus, V. N., Cozetto, D. A., Tuma, R. B., … Cerri, M. O. (2019, January 1). Engineering Microbial Living Therapeutics: The Synthetic Biology Toolbox. Trends in Biotechnology. Elsevier Ltd. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2018.09.005

[8] Stokes, J. M., Yang, K., Swanson, K., Jin, W., Cubillos-Ruiz, A., Donghia, N. M., … Collins, J. J. (2020). A Deep Learning Approach to Antibiotic Discovery. Cell, 180(4), 688-702.e13. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.01.021

[9] Laxminarayan, R., Duse, A., Wattal, C., Zaidi, A. K. M., Wertheim, H. F. L., Sumpradit, N., … Cars, O. (2013, December). Antibiotic resistance-the need for global solutions. The Lancet Infectious Diseases. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70318-9


[10] Antibiotic – Wikipedia. (n.d.). Retrieved October 22, 2020, from https://en.wikipedia.org/wiki/Antibiotic

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

169. Rozhovor s Kate Adamala: Od syntetických buniek k dobývaniu vesmíru

/in /by

V dnešnej dávke sa  Miro rozpráva s profesorkou Kate Adamala  z Univerzity v Minnesote o stavbe syntetických buniek, biologickej bezpečnosti, o definícii života, či o existencii života vo vesmíre.

Slovenské zhrnutie rozhovoru si môžete prečítať ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka169

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

157. Štyri bilióny dolárov ukryté v biológii

/in , /by

Bioinžinierstvo a syntetická biológia nie sú len o bunkách a skúmavkách, ale aj o značnom ekonomickom prínose – prečo je to tak?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka157

Referencie

[1] New McKinsey Report Sees A $4 Trillion Gold Rush In This One Hot Sector. Who’s Selling Picks And Shovels? – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/new-mckinsey-report-sees-a-4-trillion-gold-rush-in-this-one-hot-sector-whos-selling-picks-and-shovels/

[2] If Biology Can Build It, They Will Come: Ginkgo Bioworks Is Laying The Foundation For The $4 Trillion Bioeconomy – SynBioBeta. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://synbiobeta.com/if-biology-can-build-it-they-will-come-ginkgo-bioworks-is-laying-the-foundation-for-the-4-trillion-bioeconomy/

[3] The Bio Revolution Innovations transforming economies, societies, and our lives Executive summary. (2020). Retrieved from www.mckinsey.com/mgi.

[4] Michael Gove: His education and IT speech in full | Computerworld. (n.d.). Retrieved July 7, 2020, from https://www.computerworld.com/article/3415890/michael-gove–his-education-and-it-speech-in-full.html

[5] Endy, D. (2005, November 24). Foundations for engineering biology. Nature. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/nature04342


[6] Khalil, A. S., & Collins, J. J. (2010, May). Synthetic biology: Applications come of age. Nature Reviews Genetics. https://doi.org/10.1038/nrg2775

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️(https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

153. Ako nám syntetická biológia umožní oživiť vyhynuté druhy

/in , /by

Vyhynuté živočíšne druhy nemusia byť nenávratne preč. Syntetická biológia nám môže tieto druhy priniesť naspäť – ako v prípade kozorožca pyrenejského.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka153 

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Folch, J., Cocero, M. J., Chesné, P., Alabart, J. L., Domínguez, V., Cognié, Y., … Vignon, X. (2009). First birth of an animal from an extinct subspecies (Capra pyrenaica pyrenaica) by cloning. Theriogenology, 71(6), 1026–1034. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2008.11.005


[3] Piña-Aguilar, R. E., Lopez-Saucedo, J., Sheffield, R., Ruiz-Galaz, L. I., De J. Barroso-Padilla, J., & Gutiérrez-Gutiérrez, A. (2009, September 1). Revival of extinct species using nuclear transfer: Hope for the mammoth, true for the pyrenean ibex, but is it time for “conservation cloning”? Cloning and Stem Cells. Cloning Stem Cells. https://doi.org/10.1089/clo.2009.0026

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

145. Budeme raz imúnni voči všetkým vírusom?

/in , /by

V súčasnosti sa očkovaním snažíme získať  odolnosť voči jednotlivým vírusom. Mohla by nám syntetická biológia dať imunitu voči všetkým vírusom?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka145

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Lajoie, M. J., Rovner, A. J., Goodman, D. B., Aerni, H. R., Haimovich, A. D., Kuznetsov, G., … Isaacs, F. J. (2013). Genomically recoded organisms expand biological functions. Science, 342(6156), 357–360. https://doi.org/10.1126/science.1241459

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

141. Na Slovensku nastal čas na epidémiu syntetickej biológie

/in , /by

Pandémia SARS-CoV-2 nám ukázala hrôzostrašnú tvár biológie. Syntetická biológia nám ponúka tú prívetivú a užitočnú – ako ju na Slovensku využijeme?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka141

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

ŠPECIÁL #3: Rozhovor s Mirom Gašpárkom o koronavíruse: Prečo nejde o umelo vyrobenú nákazu

/in , /by

Dnes sa rozprávam s mojim podcastovým kolegom Mirom Gašpárkom, ktorý sa v súčasnosti venuje modelovaniu šírenia nákazy Covid-19 na Slovensku.

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

129. Koronavírus môžeme diagnostikovať rýchlejšie a lacnejšie: S Boonom Limom z Oxfordu

/in , /by

(For the English version of the interview, go to 15:15)

V tejto epizóde Pravidelnej dávky sa Miro exkluzívne rozpráva s Boonom Limom, svojím kolegom z výskumnej skupiny Prof. Antonisa Papachristodoulou a doktorandom na Oxforde, ktorý sa venuje výskumu rýchlejšej a jednoduchšej diagnostiky ochorenia COVID-19 prostredníctvom metód syntetickej biológie. 

Miro a Boon sa rozprávaujú o spolupráci medzi syntetickými biológmi, bioinžiniermi a matematikmi, o Boonovom výskume diagnostiky rakoviny s využitím baktérií, no predovšetkým o koronavíruse a o tom, ako nám syntetická biológia umožňuje jeho rýchlejšiu a dostupnejšiu diagnostiku a prečo by sa o syntetickú biológiu malo zaujímať viac ľudí. Tento rozhovor bude v angličtine a preto v jeho úvode bude obšírne zhrnutie v slovenčine.

 ***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit