Posts

186. Ako urobiť geneticky upravené baktérie bezpečnými?

Dnes Miro rozpráva o biobezpečnosti a spôsoboch, akými bioinžinieri geneticky upravené bunky robia bezpečnými.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME.

Referencie 

[1] Lee, J. W., Chan, C. T. Y., Slomovic, S., & Collins, J. J. (2018). Next-generation biocontainment systems for engineered organisms. Nature Chemical Biology14(6), 530–537. https://doi.org/10.1038/s41589-018-0056-x

[2] Brenner, K., You, L., & Arnold, F. H. (2008, September). Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology. Trends in Biotechnologyhttps://doi.org/10.1016/j.tibtech.2008.05.004

[3] McCardell, R. D., Pandey, A., & Murray, R. M. (2019). Control of density and composition in an engineered two-member bacterial community. BioRxiv, 632174. https://doi.org/10.1101/632174

[4] D’souza, G., & Kost, C. (2016). Experimental Evolution of Metabolic Dependency in Bacteria. PLoS Genet12(11), 1006364. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006364

[5] Kunjapur, A. M., Napolitano, M. G., Hysolli, E., Appleton, E. M., Schubert, M. G., Jones, M. A., … Church, G. M. (2020). Synthetic auxotrophy remains stable after continuous evolution and in co-culture with mammalian cells. BioRxiv, 2020.09.27.315804. https://doi.org/10.1101/2020.09.27.315804


[6] Pinheiro, F., Warsi, O., Andersson, D. I., & Lässig, M. (2020, July 2). Predicting trajectories and mechanisms of antibiotic resistance evolution. ArXiv. arXiv. https://doi.org/10.1101/2020.07.02.184622

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

169. Rozhovor s Kate Adamala: Od syntetických buniek k dobývaniu vesmíru

V dnešnej dávke sa  Miro rozpráva s profesorkou Kate Adamala  z Univerzity v Minnesote o stavbe syntetických buniek, biologickej bezpečnosti, o definícii života, či o existencii života vo vesmíre.

Slovenské zhrnutie rozhovoru si môžete prečítať ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka169

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

90. Vysnívané medicínske technológie: Vaše otázky. Mirove analýzy

Zbavia syntetické bunky vyrábajúce inzulín diabetikov závislosti na injekciách a počítaní sacharidov?

Prečo je spánok najlepšou “nabíjačkou” energie?

Ako sa formuje pamäť prostredníctvom prepojení medzi nervovými bunkami – a budeme si vstrekovať spomienky do žíl?

V tejto epizóde Pravidelnej dávky Miro analyzuje vaše návrhy medicínskych technológií, ktoré vám v dnešnej dobe najviac chýbajú.

Referencie:

[1] Chen, Z., Wang, J., Sun, W., Archibong, E., Kahkoska, A. R., Zhang, X., … Gu, Z. (2018). Synthetic beta cells for fusion-mediated dynamic insulin secretion. Nature Chemical Biology, 14(1), 86–93. https://doi.org/10.1038/nchembio.2511

[2] Mazzotti, D. R., Guindalini, C., Moraes, W. A. D. S., Andersen, M. L., Cendoroglo, M. S., Ramos, L. R., & Tufik, S. (2014). Human longevity is associated with regular sleep patterns, maintenance of slow wave sleep, and favorable lipid profile. Frontiers in Aging Neuroscience, 6, 134. https://doi.org/10.3389/fnagi.2014.00134

[3] Grandner, M. A. (2012). Sleep duration across the lifespan: implications for health. Sleep Medicine Reviews, 16(3), 199–201. https://doi.org/10.1016/j.smrv.2012.02.001

[4] Lucey, B. P., & Bateman, R. J. (2014). Amyloid-β diurnal pattern: possible role of sleep in Alzheimer’s disease pathogenesis. Neurobiology of Aging, 35, S29–S34. https://doi.org/10.1016/J.NEUROBIOLAGING.2014.03.035

[5] http://www.circadia.health/

[6] Gerstner, W., Kistler, W. M., Naud, R., & Paninski, L. (n.d.). Neuronal dynamics : from single neurons to networks and models of cognition.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

82. Syntetické bunky III: Môžeme postaviť bunky od základov?

Čo nedokážem postaviť, tomu nerozumiem,” povedal Richard Feynman. V tejto epizóde sa teda budeme rozprávať o stavbe syntetických buniek od základov, o výzvach, ktorým pri tomto prístupe čelíme a o nebunkovej (“cell-free”) biológii.

Referencie:

[1] Berhanu, S., Ueda, T., & Kuruma, Y. (2019). Artificial photosynthetic cell producing energy for protein synthesis. Nature Communications10(1), 1325. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09147-4

[2] Adamala, K. P., Martin-Alarcon, D. A., Guthrie-Honea, K. R., & Boyden, E. S. (2017). Engineering genetic circuit interactions within and between synthetic minimal cells. Nature Chemistry9(5), 431–439. https://doi.org/10.1038/nchem.2644

[3] Powell, K. (2018). How biologists are creating life-like cells from scratch. Nature563(7730), 172–175. https://doi.org/10.1038/d41586-018-07289-x

[4] Elani, Y., Trantidou, T., Wylie, D., Dekker, L., Polizzi, K., Law, R. V., & Ces, O. (2018). Constructing vesicle-based artificial cells with embedded living cells as organelle-like modules. Scientific Reports8(1), 4564. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22263-3

Súvisiace dávky: 

PD #78: O najmenšej syntetickej bunke
PD #74: Úvod do témy syntetických buniek

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

78. Syntetické bunky II: ako vznikla najmenšia syntetická bunka

Existujú dva prístupy k stavbe syntetických buniek. Dnes si predstavíme “top-down” prístup k stavbe syntetických buniek, fascinujúce výsledky vedcov z J Craig Venter Institute, najmenší syntetický organizmus JCVI-syn3.0 a dôjde aj na esenciálne gény!

Referencie a odporúčaná literatúra

[1] Hutchison III, C. A., Chuang, R.-Y., Noskov, V. N., Assad-Garcia, N., Deerinck, T. J., Ellisman, M. H., … Venter, J. C. (n.d.). Design and synthesis of a minimal bacterial genome. https://doi.org/10.1126/science.aad6253

 [2] Glass, J. I., Merryman, C., Wise, K. S., Hutchison, C. A., & Smith, H. O. (2017). Minimal Cells—Real and Imagined. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 9(12), a023861. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a023861

[3] Göpfrich, K., Platzman, I., & Spatz, J. P. (2018). Mastering Complexity: Towards Bottom-up Construction of Multifunctional Eukaryotic Synthetic Cells. Trends in Biotechnology, 36(9), 938–951. https://doi.org/10.1016/J.TIBTECH.2018.03.008

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

74. Syntetické bunky: najambicióznejší projekt v histórii

Život je často ťažký, a to nielen ten náš osobný ale aj ten biologický. V dnešnej dávke, nahranej v americkom MIT, si povieme aj o nasledovnom: čo je to život, prečo nie je jednoduché definovať, a či vedci vedia už stvoriť život.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit