Posts

169. Rozhovor s Kate Adamala: Od syntetických buniek k dobývaniu vesmíru

V dnešnej dávke sa  Miro rozpráva s profesorkou Kate Adamala  z Univerzity v Minnesote o stavbe syntetických buniek, biologickej bezpečnosti, o definícii života, či o existencii života vo vesmíre.

Slovenské zhrnutie rozhovoru si môžete prečítať ako článok na SME: http://bit.ly/SME_davka169

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Staň sa patrónom Tvojho obľúbeného podcastu cez Patreon ❤️ (https://bit.ly/PatreonPD) alebo nás podpor jednorazovo či trvalým príkazom (https://bit.ly/CHCEMpodporit). Ďakujeme!

153. Ako nám syntetická biológia umožní oživiť vyhynuté druhy

Vyhynuté živočíšne druhy nemusia byť nenávratne preč. Syntetická biológia nám môže tieto druhy priniesť naspäť – ako v prípade kozorožca pyrenejského.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka153 

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Folch, J., Cocero, M. J., Chesné, P., Alabart, J. L., Domínguez, V., Cognié, Y., … Vignon, X. (2009). First birth of an animal from an extinct subspecies (Capra pyrenaica pyrenaica) by cloning. Theriogenology, 71(6), 1026–1034. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2008.11.005


[3] Piña-Aguilar, R. E., Lopez-Saucedo, J., Sheffield, R., Ruiz-Galaz, L. I., De J. Barroso-Padilla, J., & Gutiérrez-Gutiérrez, A. (2009, September 1). Revival of extinct species using nuclear transfer: Hope for the mammoth, true for the pyrenean ibex, but is it time for “conservation cloning”? Cloning and Stem Cells. Cloning Stem Cells. https://doi.org/10.1089/clo.2009.0026

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

145. Budeme raz imúnni voči všetkým vírusom?

V súčasnosti sa očkovaním snažíme získať  odolnosť voči jednotlivým vírusom. Mohla by nám syntetická biológia dať imunitu voči všetkým vírusom?

Prečítajte si túto dávku aj ako článok: https://bit.ly/SME_davka145

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Lajoie, M. J., Rovner, A. J., Goodman, D. B., Aerni, H. R., Haimovich, A. D., Kuznetsov, G., … Isaacs, F. J. (2013). Genomically recoded organisms expand biological functions. Science, 342(6156), 357–360. https://doi.org/10.1126/science.1241459

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

102. O demokratizácii syntetickej biológie: S Keonim Gandallom zo Stanfordu

Miro si do Pravidelnej dávky pozval Keoniho Gandalla, svojho kolegu z laboratória Prof. Drewa Endyho na Stanforde. Napriek tomu, že Keoni má len 20 rokov, už vedie projekt stavby a distribúcie dostupných génov do celého sveta. Články o ňom môžete nájsť napríklad vo Forbes a New York Times.

Rozprávajú sa aj o týchto otázkach: Ako dať prístup ku genetickému inžinierstvu všetkým ľuďom podobne, ako dnes takmer každý má prístup k smartfónu? Ako vyriešiť logisticky distribúciu DNA po svete? Aké možnosti nám syntetická biológia ponúka? A ako k tomu môže prispieť 20 ročný chlapec, ktorý si ešte na základnej škole na výstave kníh miestneho kostola kúpil učebnicu o virológii a postavil si v garáži biologické laboratórium?

Referencie:

[1] https://synbiobeta.com/free-genes-project-makes-dna-freely-available-to-the-world/

[2] Endy, D. (2005). Foundations for engineering biology. https://doi.org/10.1038/nature04342

[3]  https://www.forbes.com/sites/fernandezelizabeth/2019/09/19/yes-people-can-edit-the-genome-in-their-garage-can-they-be-regulated/

[4] https://www.nytimes.com/2018/05/14/science/biohackers-gene-editing-virus.html

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

98. Ako bioinžinieri upravujú gény: CRISPR a genetický kufrík s náradím

Genetické inžinierstvo a génové úpravy patria medzi najvzrušujúcejšie oblasti moderného bioinžinierstva a vedy. Najpoužívanejším nástrojom využívaným na génové úpravy je CRISPR-Cas9. Čo to ale vlastne je? A ako to funguje?

O genetickom inžinierstve, o nástroji s názvom CRISPR-Cas9, jeho princípoch a fungovaní, o jeho výhodách a nevýhodách sa budeme rozprávať v dnešnej Pravidelnej dávke. 

Referencie:

[1] Anzalone, A. V, Randolph, P. B., Davis, J. R., Sousa, A. A., Koblan, L. W., Levy, J. M., … Liu, D. R. (2019). Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4

[2] Doudna, J. A., & Charpentier, E. (2014). The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9. Science, 346(6213), 1258096. https://doi.org/10.1126/science.1258096

[3]  https://www.addgene.org/crispr/

[4] https://ghr.nlm.nih.gov/primer/genomicresearch/genomeediting

[5] https://www.broadinstitute.org/what-broad/areas-focus/project-spotlight/crispr-timeline

[6] Pickar-Oliver, A., & Gersbach, C. A. (2019, August 1). The next generation of CRISPR–Cas technologies and applications. Nature Reviews Molecular Cell Biology. Nature Publishing Group. https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

82. Syntetické bunky III: Môžeme postaviť bunky od základov?

Čo nedokážem postaviť, tomu nerozumiem,” povedal Richard Feynman. V tejto epizóde sa teda budeme rozprávať o stavbe syntetických buniek od základov, o výzvach, ktorým pri tomto prístupe čelíme a o nebunkovej (“cell-free”) biológii.

Referencie:

[1] Berhanu, S., Ueda, T., & Kuruma, Y. (2019). Artificial photosynthetic cell producing energy for protein synthesis. Nature Communications10(1), 1325. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09147-4

[2] Adamala, K. P., Martin-Alarcon, D. A., Guthrie-Honea, K. R., & Boyden, E. S. (2017). Engineering genetic circuit interactions within and between synthetic minimal cells. Nature Chemistry9(5), 431–439. https://doi.org/10.1038/nchem.2644

[3] Powell, K. (2018). How biologists are creating life-like cells from scratch. Nature563(7730), 172–175. https://doi.org/10.1038/d41586-018-07289-x

[4] Elani, Y., Trantidou, T., Wylie, D., Dekker, L., Polizzi, K., Law, R. V., & Ces, O. (2018). Constructing vesicle-based artificial cells with embedded living cells as organelle-like modules. Scientific Reports8(1), 4564. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22263-3

Súvisiace dávky: 

PD #78: O najmenšej syntetickej bunke
PD #74: Úvod do témy syntetických buniek

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

78. Syntetické bunky II: ako vznikla najmenšia syntetická bunka

Existujú dva prístupy k stavbe syntetických buniek. Dnes si predstavíme “top-down” prístup k stavbe syntetických buniek, fascinujúce výsledky vedcov z J Craig Venter Institute, najmenší syntetický organizmus JCVI-syn3.0 a dôjde aj na esenciálne gény!

Referencie a odporúčaná literatúra

[1] Hutchison III, C. A., Chuang, R.-Y., Noskov, V. N., Assad-Garcia, N., Deerinck, T. J., Ellisman, M. H., … Venter, J. C. (n.d.). Design and synthesis of a minimal bacterial genome. https://doi.org/10.1126/science.aad6253

 [2] Glass, J. I., Merryman, C., Wise, K. S., Hutchison, C. A., & Smith, H. O. (2017). Minimal Cells—Real and Imagined. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 9(12), a023861. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a023861

[3] Göpfrich, K., Platzman, I., & Spatz, J. P. (2018). Mastering Complexity: Towards Bottom-up Construction of Multifunctional Eukaryotic Synthetic Cells. Trends in Biotechnology, 36(9), 938–951. https://doi.org/10.1016/J.TIBTECH.2018.03.008

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

70. O Ebole a jej epidémii v Kongu

Ebola je jednou z najnebezpečnejších infekčných chorôb s akými sa ľudstvo doteraz stretlo a v Kongu momentálne zúri jedna z jej najzávažnejších epidémií.

Prečo je Ebola taká smrteľná? Hrozí nám, že sa rozšíri po celom svete? Môže jednoducho zmutovať alebo byť zneužitá na zlovoľné účely? Prečo vypukla jej epidémia práve v Kongu? A existuje proti Ebole účinná vakcína? O tom všetkom sa porozprávame v dnešnej Pravidelnej dávke. 

Zdroje:

[1] Výborný aktuálny článok z New York Times o epidémii Eboly v Kongu.

[2] Štúdia skúmajúca účinnosť vakcíny rVZV-EBOV voči Ebole: Henao-Restrepo, A. M., Camacho, A., Longini, I. M., Watson, C. H., Edmunds, W. J., Egger, M., … Kieny, M.-P. (2017). Efficacy and effectiveness of an rVSV-vectored vaccine in preventing Ebola virus disease: final results from the Guinea ring vaccination, open-label, cluster-randomised trial (Ebola Ça Suffit!). Lancet (London, England), 389(10068), 505–518. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(16)32621-6

[3] Základné a zrozumiteľné informácie o vakcíne proti Ebole poskytnuté Svetovou zdravotníckou organizáciou.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk

54. O nových zisteniach v prípade narodenia geneticky upravených detí v Číne

Narodenie geneticky upravených detí bolo jednou z najzávažnejších medicínskych a vedeckých udalostí, ktoré sa udiali v posledných rokoch. Táto udalosť rozvírila množstvo diskusií nielen o technických a vedeckých, ale najmä o etických aspektoch takéhoto počinu. 

V dnešnej Pravidelnej Dávke sa stručne porozprávame o narodení geneticky upravených detí, o reakcii vedeckej komunity na tento objav a o nových zisteniach týkajúcich sa tohto prípadu.

Štúdia Dr. Nielsena z Nature Medicine o potenciálnej škodlivosti mutácie poskytujúcej odolnosť na HIV: https://www.nature.com/articles/s41591-019-0459-6

Výborná štúdia z PLoS Biology o problémoch genetického upravovania detí: https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3000224

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka) na SK1283605207004206791985 alebo nás podporte ešte mesiac priamo cez Startlab. Ďakujeme! 

Zdroj obrázka: Google Images (labeled for non-commercial reuse)