Posts

153. Ako nám syntetická biológia umožní oživiť vyhynuté druhy

Vyhynuté živočíšne druhy nemusia byť nenávratne preč. Syntetická biológia nám môže tieto druhy priniesť naspäť – ako v prípade kozorožca pyrenejského.

Prečítajte si túto dávku aj ako článok na SME: https://bit.ly/SME_davka153 

Referencie

[1] Church, G. M., & Regis, E. (2014). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. New York: Basic Books.

[2] Folch, J., Cocero, M. J., Chesné, P., Alabart, J. L., Domínguez, V., Cognié, Y., … Vignon, X. (2009). First birth of an animal from an extinct subspecies (Capra pyrenaica pyrenaica) by cloning. Theriogenology, 71(6), 1026–1034. https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2008.11.005


[3] Piña-Aguilar, R. E., Lopez-Saucedo, J., Sheffield, R., Ruiz-Galaz, L. I., De J. Barroso-Padilla, J., & Gutiérrez-Gutiérrez, A. (2009, September 1). Revival of extinct species using nuclear transfer: Hope for the mammoth, true for the pyrenean ibex, but is it time for “conservation cloning”? Cloning and Stem Cells. Cloning Stem Cells. https://doi.org/10.1089/clo.2009.0026

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

149. S Richardom Kollárom o matematike v biológii a modelovaní COVID-19

V tejto časti Pravidelnej dávky sa Miro rozpráva s matematikom Richardom Kollárom o matematike v biológii, nelineárnych systémoch, evolúcii, modelovaní COVID-19, či o slovenskej vede.

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

129. Koronavírus môžeme diagnostikovať rýchlejšie a lacnejšie: S Boonom Limom z Oxfordu

(For the English version of the interview, go to 15:15)

V tejto epizóde Pravidelnej dávky sa Miro exkluzívne rozpráva s Boonom Limom, svojím kolegom z výskumnej skupiny Prof. Antonisa Papachristodoulou a doktorandom na Oxforde, ktorý sa venuje výskumu rýchlejšej a jednoduchšej diagnostiky ochorenia COVID-19 prostredníctvom metód syntetickej biológie. 

Miro a Boon sa rozprávaujú o spolupráci medzi syntetickými biológmi, bioinžiniermi a matematikmi, o Boonovom výskume diagnostiky rakoviny s využitím baktérií, no predovšetkým o koronavíruse a o tom, ako nám syntetická biológia umožňuje jeho rýchlejšiu a dostupnejšiu diagnostiku a prečo by sa o syntetickú biológiu malo zaujímať viac ľudí. Tento rozhovor bude v angličtine a preto v jeho úvode bude obšírne zhrnutie v slovenčine.

 ***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

126. Vyrieši syntetická biológia problémy s klímou?

V dnešnej epizóde Pravidelnej dávky Miro rozpráva o syntetickej biológii a o tom, ako syntetickí biológovia a niektoré zaujímavé spoločnosti v tejto oblasti môžu pomôcť riešiť problémy s klímou, ktorým všetci čelíme.

Môžeme upraviť baktérie tak, aby sa dokázali živiť skleníkovými plynmi z ovzdušia? A ako môžeme využiť metódy rastlinného inžinierstva? A čože to vlastne je tá syntetická biológia? 

Vybrané Referencie

[1] http://sites.bu.edu/climate-change/

[2] https://synbiobeta.com/exploring-solutions-to-climate-change-with-synthetic-biology/

[3] https://theconversation.com/climate-change-is-making-soils-saltier-forcing-many-farmers-to-find-new-livelihoods-106048

[4] Mus, F., Crook, M. B., Garcia, K., Costas, A. G., Geddes, B. A., Kouri, E. D., … Peters, J. W. (2016, July 1). Symbiotic nitrogen fixation and the challenges to its extension to nonlegumes. Applied and Environmental Microbiology. American Society for Microbiology. https://doi.org/10.1128/AEM.01055-16

[5] Callaway, E. (2019, December 1). E. coli bacteria engineered to eat carbon dioxide. Nature. NLM (Medline). https://doi.org/10.1038/d41586-019-03679-x

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

114. Strojové učenie v medicíne II. Aké výzvy nám stoja v ceste?

V tejto Pravidelnej dávke budeme pokračovať v našej diskusii o využití strojového učenia a umelej inteligencie v medicíne. Akým prekážky stoja v ceste využitia strojového učenia v medicíne? A čo musia inžineiri a lekári robiť, aby niektoré z nich odstránili? 

Referencie:

[1] Ching, T., Himmelstein, D. S., Beaulieu-Jones, B. K., Kalinin, A. A., Do, B. T., Way, G. P., … Greene, C. S. (2018). Opportunities and obstacles for deep learning in biology and medicine. Journal of the Royal Society Interface, 15(141). https://doi.org/10.1098/rsif.2017.0387

[2] Komorowski, M., Celi, L. A., Badawi, O., Gordon, A. C., & Faisal, A. A. (2018). The Artificial Intelligence Clinician learns optimal treatment strategies for sepsis in intensive care. Nature Medicine, 24(11), 1716–1720. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0213-5

[3] Rigby, M. J. (2019, February 1). Ethical dimensions of using artificial intelligence in health care. AMA Journal of Ethics. American Medical Association. https://doi.org/10.1001/amajethics.2019.121

[4] Yu, K. H., & Kohane, I. S. (2019, March 1). Framing the challenges of artificial intelligence in medicine. BMJ Quality and Safety. BMJ Publishing Group. https://doi.org/10.1136/bmjqs-2018-008551

[5] Kelly, C. J., Karthikesalingam, A., Suleyman, M., Corrado, G., & King, D. (2019). Key challenges for delivering clinical impact with artificial intelligence. BMC Medicine, 17(1), 195. https://doi.org/10.1186/s12916-019-1426-2

[6] Badgeley, M. A., Zech, J. R., Oakden-Rayner, L., Glicksberg, B. S., Liu, M., Gale, W., … Dudley, J. T. (2019). Deep learning predicts hip fracture using confounding patient and healthcare variables. Npj Digital Medicine, 2(1). https://doi.org/10.1038/s41746-019-0105-1

[7] Chen, I., Johansson, F. D., & Sontag, D. (2018). Why Is My Classifier Discriminatory? Retrieved from http://arxiv.org/abs/1805.12002

Súvisiace dávky: 

PD#110: Úvod do strojového učenia v medicíne a biológii: https://bit.ly/3aeJi9D

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

94. Liek na Alzheimera: Nová nádej či premrhané miliardy?

Alzheimerova choroba patrí medzi najzávažnejšie ochorenia. Inžinieri, lekári a vedci sa už dlhé roky snažia vyvinúť liek na túto chorobu. Tento týždeň svetovými médiami preletela správa o možnej nádeji pre pacientov, ktorú poskytuje nový liek od spoločnosti Biogen.

V ďalšej epizóde Pravidelnej Dávky o inováciách v medicíne Miro rozpráva o mozgu, Alzheimerovej chorobe a o novom lieku na túto chorobu.

Referencie:

[1] Mazzotti, D. R., Guindalini, C., Moraes, W. A. D. S., Andersen, M. L., Cendoroglo, M. S., Ramos, L. R., & Tufik, S. (2014). Human longevity is associated with regular sleep patterns, maintenance of slow wave sleep, and favorable lipid profile. Frontiers in Aging Neuroscience, 6, 134. https://doi.org/10.3389/fnagi.2014.00134

[2] Grandner, M. A. (2012). Sleep duration across the lifespan: implications for health. Sleep Medicine Reviews, 16(3), 199–201. https://doi.org/10.1016/j.smrv.2012.02.001

[3] https://www.nhs.uk/conditions/alzheimers-disease/

[4] Tanzi, R. E. (2012). The Genetics of Alzheimer Disease. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine, 2(10), a006296–a006296. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a006296

[5] Gerstner, W., Kistler, W. M., Naud, R., & Paninski, L. (n.d.). Neuronal dynamics : from single neurons to networks and models of cognition.

[6] Alzheimer’s drug revival gives hope to millions — and investors | Financial Times. (n.d.). Retrieved October 25, 2019, from https://www.ft.com/content/e6046166-f4f4-11e9-b018-3ef8794b17c6

[7] In Shocking Reversal, Biogen to Submit Experimental Alzheimer’s Drug for Approval – Scientific American. (n.d.). Retrieved October 25, 2019, from https://www.scientificamerican.com/article/in-shocking-reversal-biogen-to-submit-experimental-alzheimers-drug-for-approval/

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

92. O pôvode druhov: Darwinovo životné dielo

V tejto dávke sa pozrieme na nasledovné otázky: O čom bolo Darwinovo životné dielo, ktoré stálo na počiatku evolučnej biológie? Ako argumentoval Darwin za prirodzený výber? A akým námietkam musel čeliť? 

Použitá a odporúčaná literatúra:

  • Darwin, On the Origins of Species.
  • Olson, Science & Religion, 1450-1900, kap. 8.
  • Gregory, Natural Science in Western History, kap. 17-18.
  • Browne, Darwin’s Origin of Species: A Biography.
  • Ruse, Charles Darwin
  • Larson, Evolúcia: Neobyčajna história jednej vedeckej teórie.
  • Mayr, „Darwin’s Influence on Modern Thought”, Scientific American, https://bit.ly/2qiF5yW.

Súvisiace dávky:

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit

86. Na streche MIT o automatizácii biolaboratórií: S Dhashom Shrivathsom, CEO Radix Labs

**For the (English) recording of the interview, go to 16:30**

Medzi najväčšie problémy moderného biologického a medicínskeho laboratórneho výskumu patria ľudské chyby a neschopnosť pri rovnakom postupe dosahovať uspokojivo rovnaké výsledky. Okrem toho stále nemáme špičkové nástroje a platformy na rýchlu komunikáciu medzi ľuďmi a laboratórnymi robotmi a prístrojmi. Biológovia tak stále trávia príliš veľa času v laboratóriu a málo času prípravou a uvažovaním nad experimentami. 

Dhash Shrivathsa sa rozhodol zamerať na všetky spomínané problémy a vo svojom (už druhom) startupe Radix Labs vyvíja nový programovací jazyk a softvérovú platformu, ktorá umožní experimentátorom a laboratórnym nástrojom jednoducho komunikovať potrebné inštrukcie jednoduchým, no zároveň presným spôsobom. O jeho projekte nedávno vyšiel aj článok v časopise Nature. 

V tejto epizóde Pravidelnej dávky sa Miro vo svojom prvom rozhovore rozpráva s Dhashom o počítačoch, automatizácii laboratórií, o demokratizácii biológie, o jeho sne vyrobiť si vlastné pivo a tiež o tom, ako budovať úspešný biznis a získať investície do svojich projektov.

Zdroje a referencie :

[1] Segal, M. (2019). An operating system for the biology lab. Nature 2019 573:7775.

[2] Štúdia o slabej reprodukovateľnosti výsledkov: Begley, C. G., & Ellis, L. M. (2012). Raise standards for preclinical cancer research. Nature 2012 483:7391483(7391), 531–533. https://doi.org/10.1038/483531a

[3] Startup vyrábajúci laboratórne roboty na manipuláciu s tekutinami: https://opentrons.com/

[4] Dhashov startup zameraný na automatizáciu a programovanie experimentálnych procesov v biologických laboratóriách: http://radix.bio/

***

Dobré veci potrebujú svoj čas. Pomohla ti táto dávka zamyslieť sa nad niečím zmysluplným? Podpor tvoj obľúbený podcast sumou 1€, 5€ alebo 10€ (trvalý príkaz je topka!) na SK1283605207004206791985. Ďakujeme! Viac info o podpore na pravidelnadavka.sk/#chcem-podporit